Les récifs et les hauts-fonds qui se retrouvent à la hauteur de Kamouraska et de Saint-André représentaient un danger pour les navires au 19e siècle. C’est pourquoi il a fallu y construire des phares et baliser le chenal pour la navigation de nuit.
Le premier dans la région aurait été construit en 1830 au Pilier de Pierre, devant Saint-Jean-Port-Joli. En 1860, à la suite de consultations effectuées dix ans plus tôt, le gouvernement décide de faire construire cinq phares dans l’estuaire moyen du Saint-Laurent. L’entrepreneur de Québec Louis Déry est chargé d’en construire quatre; ceux de L’Islet de Bellechasse, de la Grande Île, de l’île du long Pèlerin et de l’île du Pot à l’eau de Vie. Celui de l’île aux Grues est confié à un autre entrepreneur. Tous ces phares seront construits en 1862.
Le phare de la Grande Île se situe en face du village de Kamouraska. Sa hauteur est de 162 pieds par rapport au niveau de l’eau du fleuve. Dans son Album du touriste publié en 1872, James MacPherson Lemoine rappelle le rôle important de ce phare. Outre la maison du gardien, une autre petite maison se retrouve sur cette île à l’époque.
Le phare de l’île du long Pèlerin, en face de Saint-André-de-Kamouraska, possède une tour circulaire en briques qui s’élève à 212 pieds par rapport au niveau de l’eau du fleuve. Une lampe au kérosène et un miroir parabolique sont utilisés pour l’éclairage du phare. Lorsque le temps estival le permettait, certains y organisaient des pique-niques. Mentionnons qu’un autre phare existait à Rivière-Ouelle. Il fut érigé au bout du quai en 1875.