Les Autochtones fréquentent la Côte-du-Sud depuis longtemps. Bien avant l’arrivée des Européens, ils avaient nommé presque tout le territoire. Mais cette toponymie a presque complètement disparu.
Durant la période de l’occupation européenne, quelques nations fréquentent temporairement la Côte-du-Sud, surtout des Micmacs, des Malécites et des Montagnais. Ces derniers se sont donné des repères pour voyager de Québec au grand Portage et ils ont pris la peine de nommer plusieurs îles du Saint-Laurent. Mais ces dénominations ont disparu avec le temps.
Dans sa relation de voyage sur la Côte-du-Sud, du 12 novembre 1633 au 24 avril 1634, le père jésuite Paul Le Jeune nous fait découvrir certains lieux, mais ils décident de remplacer les désignations autochtones par ses propres observations ou créations. Voyant l’abondance d’oiseaux migrateurs près d’une île, probablement des oies des neiges, il remplace le nom de Ca chibariouachcate par île aux Oies. En face de la seigneurie de L’Islet, il change l’appellation de l’îlette Atisaoucanich etagoukhi par L’Islette malheureuse. Selon l’ethnobotaniste Jacques Rousseau, ce nom autochtone rappelle une plante servant à faire de la teinture dont on se servait pour teindre les poils de porc-épic : la sang-dragon ou Sanguinaria canadensis. Arrivé à la pointe de Saint-André, il remarque que les toponymes autochtones sont complexes et qu’ils ont été forgés rapidement, probablement sur-le-champ.
Au fil du temps, les noms de lieux créés par les premiers arrivants ont été substitués par d’autres par les Canadiens. Une anse pittoresque de Saint-Jean-Port-Joli nommée la grande-bouche par les autochtones a pris le nom d’anse aux Sauvages. S’étirant de Saint-Roch-des-Aulnaies jusqu’à la pointe de Rivière-Ouelle, la Grande Anse avait été connue sous l’appellation de Kamitsitsit ou Kannissigit, signifiant là où il y a beaucoup de castors. Enfin, le toponyme Kamouraska serait d’origine algonquine signifiant là où il y a des joncs au bord de l’eau. Le Père François-Xavier de Charlevoix (1682-1761) pour sa part suggéré que ce nom désigne « certains rochers qui s’élèvent considérablement au-dessus de l’eau ».
