L’histoire de Sainte-Hélène-de-Kamouraska est intimement liée au surplus de population et au morcellement des terres que l’on observe dès le début des années 1800 dans plusieurs seigneuries de la Côte-du-Sud.
En 1803, le curé Joseph Verreau de Saint-Roch-des-Aulnaies constate déjà ce surplus dans sa paroisse. Le missionnaire résidant de la paroisse Saint-André de L’Islet-du -Portage Joseph Dorval lui aurait recommandé d’amener des colons au 2e rang de sa paroisse. Une tradition veut que le curé ait offert gratuitement une terre à son engagé Clément Vincent Morin qui aurait par la suite attiré des habitants de Saint-Roch-des-Aulnaies sur les nouvelles concessions du 2e rang.
Ainsi, plusieurs choisissent de s’y établir. Mentionnons les familles d’Hubert Saint-Pierre, Jean Saint-Pierre, François Ouellet et Charles Castonguay. En 1827, on y trouve une quarantaine de familles. Ces terres font partie de la seigneurie de Kamouraska appartenant à Pascal Taché et de la seigneurie de L’Islet-du-Portage propriété de Joseph Fraser.
Le village de la Pinière, comme on l’appelle à l’époque, se situe juste à l’est d’un secteur de Saint-André appelé village Mississippi. Ces noms de lieux se retrouvent sur une carte de l’arpenteur Pascal-Horace Dumais dressée le 31 décembre 1847 et conservée à Bibliothèque et Archives nationales du Québec. Ce lieu de peuplement est desservi religieusement à partir de 1849. Son premier desservant est le curé de Saint-Pascal Nicolas-Tolentin Hébert (1810-1888). Celui-ci est connu pour avoir fondé la Société de colonisation des comtés de L’Islet-Kamouraska et visait la colonisation du Saguenay.
À la suite du démembrement de parties de territoires des paroisses de Saint-André, Saint-Louis et Saint-Pascal, la paroisse Sainte-Hélène est érigée canoniquement le 14 octobre 1846. Sa première église est construite l’année suivante et achevée autour de 1849, mais elle subira des transformations au cours des années, notamment en 1871. Avec ses deux tours d’escalier en bois, elle se démarque des autres églises de la région.
