Sainte-Perpétue fait partie de ces paroisses qui ont été ouvertes dans le cadre d’un programme de colonisation du gouvernement du Québec.
Se situant dans une zone vallonnée du plateau appalachien, Sainte-Perpétue étend son territoire à proximité du chemin Taché, aux limites des cantons Ashford et Lafontaine. Durant les années 1860, les promoteurs de la colonisation tels que Stanislas Drapeau encouragent le peuplement le long du chemin Elgin en accordant gratuitement des terres.
Les colons qui arrivent entre autres de Saint-Jean-Port-Joli commencent à défricher la terre bien avant l’achèvement de la route Elgin en 1866. En 1862, David Lizotte, Moise Vaillancourt, Prosper Carrier sont parmi les premiers à s’établir. En peu de temps, ce secteur connaît une croissance phénoménale de sa population qui atteint alors 470 personnes en 1864.
Desservis religieusement par les curés de Sainte-Louise et de Saint-Aubert, les habitants se donnent une petite chapelle, et ce bien avant la construction d’une première église en 1868. Celle-ci sera achevée par Charles Leblanc. Toutefois au début des années 1900, elle ne répond plus aux besoins de la population. Une nouvelle église sera construite en 1903 et parachevée en 1911, selon les spécifications du curé Édouard Martin. La paroisse de Sainte-Perpétue sera érigée plus tard en 1918. Entre-temps, la municipalité homonyme était créée en 1888.
Afin de trouver un revenu complémentaire, plusieurs habitants se tournent vers des emplois liés à la forêt. Certains commerçants exploitent des moulins à scie. Ils sont érigés non loin de la source de la rivière Ouelle, et dans le hameau Brighton le long du chemin Taché.
Au début des années 1900, Philéas Michaud met sur pied son moulin à scie. Ayant été la proie des flammes en 1923, celui-ci sera reconstruit peu de temps après. En 1931, J. H. Ouellet, son frère Alfred, et Joseph Beaulieu créent la compagnie Lafontaine Lumber et la compagnie Bois de sciage Lafontaine à Sainte-Perpétue. Durant les années 1930, une cinquantaine d’employés travaillent dans le secteur forestier.