Au début des années 1820, la paroisse de Saint-Louis de Kamouraska couvre un vaste territoire. En raison de la croissance de la population, son territoire sera amputé à partir de 1791 pour donner naissance à cinq paroisses.
Durant les années 1820, les habitants des troisième, quatrième et cinquième rangs de Kamouraska constatent que l’église est trop éloignée de leurs lieux d’habitation. La nécessité d’ouvrir une paroisse s’impose. Ayant signé une requête le 10 février 1826, les 177 habitants des concessions demandent à l’évêque du diocèse de Québec d’ériger une nouvelle paroisse au sud du village de Kamouraska. Fait intéressant, les seigneurs de Kamouraska, Paschal Taché (père) et Paschal Taché (fils), font partie des signataires de la requête.
La paroisse Saint-Paschal-de-Baylon de Kamouraska sera érigée canoniquement le 8 juin 1827. Le nom qu’on lui donne rappelle Saint-Paschal Baylon (1540-1592), connu pour sa grande dévotion à l’eucharistie. On a aussi attribué l’origine toponymique de ce nom à Paschal Taché fils.
Après sa fondation, on ne tarde donc pas à construire une nouvelle chapelle qui sera bénie le 29 décembre 1828 par le curé de Saint-Louis de Kamouraska Jacques Varin. Compte tenu de l’accroissement de la population, l’église sera agrandie et parachevée une vingtaine d’années plus tard par l’entrepreneur et maître-charpentier Jean-Baptiste Hébert.
Celui-ci est connu pour avoir construit le presbytère de Saint-Pascal, l’église de Kamouraska, et le séminaire de Nicolet en 1827. Ayant participé à la Rébellion de 1837, il fut emprisonné et libéré par son fils Nicolas-Tolentin Hébert. En 1807, Jean-Baptiste Hébert épouse en secondes noces Judith Lemire. Par ce mariage, ils deviendront les arrière-grands-parents de l’écrivaine Anne Hébert.
En 1870, c’est la catastrophe. Un important tremblement de terre secoue la région de Kamouraska. À l’intérieur de l’église de Saint-Pascal, le haut baldaquin s’effondre. Les murs et les deux tours sont alors très endommagés. On devra faire d’importantes réparations à l’église et refaire la façade avec un seul clocher. Le temple sera achevé en 1887. En 1900, on lui ajoutera un orgue Casavant.
